6 ปีต่อมา สิงหา 2004
Leon ได้เข้ามาสู่องค์กรลับที่ขึ้นตรงกับประธานาธิบดีสหรัฐ หน้าที่ของเขาคือการปกป้องครอบครัวของประธานาธิบดี ซึ่งขณะนี้ Ashley Graham ลูกสาวของประธานาธิบดีถูกลักพาตัวไปโดยกลุ่มลึกลับ ซึ่งยังไม่ทราบแรงจูงใจในการลักพาตัวครั้งนี้ แต่จากแหล่งข้อมูลที่เชื่อถือได้ทำให้ Leon ได้รู้ว่าเป็นฝีมือของคนใน และคนจากหน่วยสืบราชการลับก็รู้มาเพียงแค่ว่าเธอถูกลักพาตัวไปที่ใดซักแห่งในยุโรปเท่านั้น

ซึ่งแท้จริงแล้วเธอนั้นถูก Jack Krauser อดีตสายลับหน่วยพิเศษลักพาตัวไปตามคำสั่งของ Lord Osmund Saddler หัวหน้าลัทธิ Los Illuminados ด้วยเหตุผลบางอย่าง

นายตำรวจ 2 คนได้ขับรถนำ Leon มาส่งยังนอกหมู่บ้านแห่งหนึ่งในประเทศสเปน ซึ่งเป็นที่ที่เคยมีคนพบหญิงสาวที่มีลักษณะคล้าย Ashley มาก่อน โดยนายตำรวจทั้ง 2 รอ Leon อยู่ในรถ

Leon เข้าไปยังกระท่อมหลังหนึ่ง และเขาก็ได้พบชายแก่คนหนึ่งที่กำลังง่วนอยู่กับใส่ฝืน Leon จึงเดินเข้าไปยื่นรูป Ashley ให้ชายแก่คนนั้นดู แต่เขาก็พูดใส่ Leon ด้วยภาษาสเปนที่ Leon ไม่ค่อยเข้าใจ Leon จึงขอโทษและเตรียมหันหลังกลับไป แต่ชายแก่กลับเหวี่ยงขวานใส่เขาแบบเต็มแรง Leon ยกปืนขึ้นขู่ แต่ชายแก่คนนั้นดูมีทีท่าที่ไม่ค่อยเหมือนคนปกติ และยังพยายามจะเข้ามาฆ่า Leon ให้ได้ ทำให้ Leon ไม่มีทางเลือก จึงต้องจัดการกับเขา

ทันทีที่จัดการกับชายแก่คนนั้นได้ Leon ก็ได้ยินเสียงรถบรรทุกวิ่งออกจากหมู่บ้าน เมื่อ Leon มาดูที่หน้าต่างก็เห็นว่ารถบรรทุกวิ่งไปทางที่รถตำรวจที่จอดรอเขาอยู่ Leon ได้ยินเสียงของพวกตำรวจ แต่เมื่อ Leon วิ่งตามไปดูก็พบว่าทั้งรถบรรทุกและรถตำรวจตกลงไปหน้าผาแล้ว

Leon เริ่มรู้สึกได้ถึงสิ่งผิดปกติจากการสำรวจรอบๆหมู่บ้าน ซึ่งมีศพหัวขาดถูกแขวนอยู่ด้วย และทันทีที่ Leon เดินเข้าไปในหมู่บ้าน ชาวบ้านก็พากันกระจายข่าวการมาของ Leon ,Leon เอากล้องส่องทางไกลมองเข้าไปดูก็พบว่านายตำรวจที่มาส่งเขากำลังโดนเผาอยู่ และพวกชาวบ้านก็กำลังรวมตัวกันมาไล่ฆ่าเขาแบบไม่มีสาเหตุ ทุกคนมีท่าทีที่แปลกไปจากมนุษย์ทั่วไป แต่พวกเขาไม่ใช่ Zombie เขารู้ดีว่าพวก Zombie เป็นอย่างไร

ชาวบ้านกรูกันเข้าไปหมายจะฆ่า Leon ด้วยจำนวนชาวบ้านที่เยอะขนาดนี้เขาไม่มีทางชนะแน่ แต่แล้วจู่ๆมีคนทำให้เสียงระฆังดังขึ้น ชาวบ้านทั้งหลายหยุดนิ่งแล้วเดินไปยังโบสถ์ เหมือนนั่นเป็นสัญญาณเรียกอะไรซักอย่าง แม้จะยังงงๆแต่นั่นก็ทำให้ Leon รอดมาได้

ซึ่งคนที่ช่วยเขาไว้นั้นคือหญิงสาวที่น่าจากตายไปแล้ว Ada Wong ที่ได้รับคำสั่งจาก Wesker ให้มาที่นี่ด้วยจุดประสงค์บางอย่าง แต่เธอได้ยินเสียงการต่อสู้เกิดขึ้นภายในหมู่บ้าน และพบว่าคนที่กำลังต่อสู้อยู่นั้นคือ Leon ชายหนุ่มที่เคยช่วยชีวิตเธอไว้ เธอจึงตัดสินใจลอบเข้าไปสั่นระฆังเพื่อช่วยให้ Leon ให้รอดมาได้

Leon จำเป็นต้องหาข้อมูลเรื่องภายในที่แห่งนี้เพิ่ม จนเขาได้มาพบข้อมูลเกี่ยวกับเรื่องสายลับอเมริกาซึ่งน่าจะเป็นเขาและนักโทษที่ถูกขังไว้ ซึ่งอาจจะเป็น Ashley นั่นทำให้ Leon มั่นใจได้ว่า Ashley ถูกขังอยู่ที่นี่แน่นอน

ในขณะเดียวกัน Ada ก็ได้รับการติดต่อจาก Wesker ชายที่เป็นหัวหน้าของเธอ เขาต้องการให้เธอเข้าไปช่วย Luis Sera นักวิจัยของพวกเขาที่แฝงตัวเข้าไปแล้วถูกคนพวกนั้นจับไป

Leon ได้เข้าไปพบกับชายคนหนึ่ง ซึ่งถูกจับมัดไว้ แต่ทันทีที่ Leon เข้าไปช่วยเขา ก็มีชาวบ้านบุกเข้ามาพร้อมกับชายร่างสูงใหญ่ซึ่งเหมือนจะเป็นตัวหัวหน้า เข้ามาซัด Leon จนกระเด็นไปโดนชายคนนั้นจนสลบไปทั้งคู่

เมื่อ Ada ตามมาถึงก็พบว่าชาวบ้านกำลังนำ Leon กับ Luis ไปซะแล้ว

Leon รู้สึกเหมือนถูกฉีดอะไรบางอย่างเข้าไปในคอ แล้วเขาก็สะดุ้งตื่นขึ้นมาพบว่าตัวเองถูกมัดอยู่ข้างๆชายคนที่ถูดมัดอยู่ในตอนแรก เมื่อคุยกัน Leon ก็ได้รู้ว่าเขาคือ Luis Sera เขาอ้างว่าเขาเป็นอดีตนายตำรวจของ Madrid และเขาบอกว่าเขารู้จากชาวบ้านว่าลูกสาวประธานาธิบดีสหรัฐถูกจับขังอยู่ในโบสถ์ และในขณะที่ Luis กำลังจะพูดถึงเรื่องไวรัสในห้องทดลองที่ทำงาน ก็มีชาวบ้านพุ่งเข้ามาใช้ขวานจะฆ่าทั้งคู่ แต่ทั้งคู่ก็หนีรอดได้อย่างหวุดหวิด

Leon ได้สำรวจจนได้เข้าไปในบ้านหลังหนึ่ง ซึ่งก็มีคนตามเขาเข้าไปด้วย

ทางด้าน Ada เธอได้พบหนังสือเกี่ยวกับ Las Plagas และได้รายงานให้ Wesker รู้ถึงการมาของสายลับอเมริกา

Leon ได้มาถึงห้องๆหนึ่ง ซึ่งเขาได้ยินเสียงคนเข้าใน Leon เข้าไปก็พบกับ Mandez ชายที่จับเขาไปในตอนแรก Leon เกือบถูก Mandez ฆ่า แต่แล้ว Mandez ก็ปล่อย Leon และบอกว่าเขามีเลือดแบบเดียวกัน และเขาก็เดินไป แต่เมื่อ Leon ตามเข้าไปหา Mandez อีกครั้งเขาก็เปลี่ยนใจและคิดฆ่า Leon แต่มีหญิงสาวชุดแดงคนหนึ่งยิงปืนทะลุหน้าต่างเข้ามาช่วย Leon ไว้ได้ทัน Mendez จึงตามเธอคนนั้นออกไป

ซึ่งเธอก็คือAdaนั่นเอง Ada หนี Mandez กลับไปทางหมู่บ้าน แต่ก็ถูกชาวบ้านขวางไว้ และถูกลูกดอกยาสลบปาปักเข้าที่หลังจนสลบไป

Leon รอดมาได้อีกครั้ง เขาสำรวจจนไปพบกับข้อความเกี่ยวกับคนที่ชื่อ Lord Saddler ซึ่งมีคำสั่งให้ Mandez ไว้ชีวิตเขาไว้ พวกนั้นพูดถึงเลือดสีเดียวกันในตัวเขาที่จะทำให้เขากลายเป็นพวกเดียวกันกับพวกมัน อีกทั้งยังมีเรื่องขององค์กรที่3 และนักสืบ Luis ที่ขโมยของบางอย่างจากพวกนั้นไป ซึ่งพวกนั้นให้ความสำคัญในการจัดการกับเขามากสุดอีกด้วย และเขาก็ได้รู้ว่ากุญแจโบสถ์อยู่ด้านหลังทะเลสาบ

แต่เมื่อ Leon ไปถึงทะเลสาบก็ได้เห็นชาวบ้านนำศพนายตำรวจที่มาส่งเขามาโยนทิ้งลงให้สัตว์ประหลาดกิน Leon นั่งเรือไปเอากุญแจและจัดการกับเจ้าสัตว์ประหลาดยักษ์ในทะเลสาบได้สำเร็จ แต่เมื่อเขากลับขึ้นฝั่งมา ก็รู้สึกหน้ามืดอย่างรุนแรงก่อนจะกระอักเลือดออกมา Leon พยายามเอาร่างกายของตัวเองเข้าไปในกระท่อมที่อยู่ใกล้ๆ และเขาก็สลบไป

Leon ฝันเห็นอะไรบางอย่างในตัวเองและตัวเขาก็ค่อยๆกลายร่างจนในที่สุดก็สะดุ้นตื่นขึ้นมา Leon ได้รับการติดต่อจากเจ้าหน้าที่สื่อสาร Ingrid Hunnigan ถึงเรื่องภารกิจที่ผ่านมากว่า 6 ชม.แล้ว แต่ Leon ก็ยังคงตั้งใจจะปฏิบัติภารกิจต่อไป

ชาวบ้านยังคงปล่อยสัตว์ประหลายยักษ์มาไล่ล่าเขาเป็นระยะ ไม่เพียงแต่สัตว์ประหลาดเท่านั้นแม้แต่ตัวชาวบ้านเองก็เช่นกัน หัวของชาวบ้านบางคนแตกออกมาเป็นเหมือนตัวปรสิตและเข้าจู่โจมเขา พวกนี้เหมือนถูกควบคุมโดยตัวอะไรบางอย่างที่คล้ายปรสิตที่อยู่ในตัวเช่นเดียวกับพวกสัตว์ประหลาด แต่ด้วยประสบการณ์ที่ผ่านมา ทำให้ในที่สุด Leon ก็สามารถต่อสู้เอาตัวรอด จนเข้าโบสถ์ไปหา Ashley ได้

Leon เข้าไปแนะนำตัวกับเธอ และพาเธอหนีออกมา แต่เมื่อลงมาชั้นล่างของโบสถ์ก็มีนักบวชคนหนึ่งออกมาขวางไว้ เขาแนะนำตัวกับ Leon ว่าเขาคือ Osmund Saddler หัวหน้าลัทธิศาสนาแห่งนี้ และเขาก็บอกถึงเป้าหมายที่พวกเขาลักพาตัว Ashley มาว่าคืออะไร ซึ่งก็คือการเรียกค่าไถ แต่นั่นเป็นแค่ส่วนหนึ่งเท่านั้น เพราะไม่เพียงแค่นั้นเป้าหมายที่แท้จริงของพวกมันคือตั้งใจจะควบคุมเธอโดยการฉีดไข่บางอย่างเข้าไปตัวเธอเหมือนที่ได้ทำกับ Leon และผลที่จะเกิดหลังจากไข่ที่ฉีดเข้าไปฟักตัวก็คือพวกเขาจะถูกเจ้า Lord Saddler ควบคุมโดยสมบูรณ์ พวกมันตั้งใจจะส่งตัวเธอไปควบคุมพ่อของเธอ ซึ่ง Lord Saddler บอกมันเป็นส่วนหนึ่งของการควบคุมโลก แต่เมื่อ Leon กำลังจะพูดสวนกลับไป ก็มีนักบวชถือหน้าไม้เดินเข้ามา Leon เห็นท่าไม่ดี จึงดึงมือ Ashley แล้วพุ่งออกนอกหน้าต่างไป

ในขณะเดียวกัน Ada รู้สึกตัวมาก็พบว่าตัวเองอยู่บนแท่นบูชายัญและมีชาวบ้าน3คนกำลังสวดอะไรซักอย่างอยู่ ก่อนที่ชาวบ้านคนนึงจะเงื้อขวานขึ้นฟันAda แต่เธอก็หลบได้ทันพอดี เธอหนีออกมาพบเธอเป็นเนินเขาไม่ใกล้ไม่ไกลจากบ้านของ Mandez

Leon ได้พบข้อมูลว่า Luis สามารถเอาไข่ในตัวของเขาออกไปได้และพวก Saddler รู้สึกเหมือนกับว่ามีกลุ่มคนบางกลุ่มมาเกี่ยวข้องกับเรื่องราวครั้งนี้ด้วย Leon กับ Ashley หนีพวกชาวบ้าน จนเข้าไปในบ้านหลังหนึ่งซึ่งข้างใน Leon ก็ได้พบกับ Luis อีกครั้ง Luis รู้ได้ว่า Ashley เองก็น่าจะโดนฉีดปรสิตเข้าไปในตัวเช่นกัน Leon และ Luis ช่วนกันต้านพวกชาวบ้านจนพวกนั้นถอยกลับไป เมื่อชาวบ้านถอยกลับไป Luis ก็แยกตัวไปอีกครั้ง

Luis ออกจากบ้านมาก็พบกับAda เธอรีบถามเขาทันทีว่าได้ตัวอย่างมารึเปล่า เขาบอกเพียงแค่ว่าใกล้แล้วและให้ Ada คอยดู Saddler ให้ดี

Ingrid Hunnigan แจ้งมายัง Leon ว่าเฮลิคอปเตอร์ที่ถูกส่งไปรับพวกเขานั้นถูกพวกชาวบ้านยิงตกไปเสียแล้ว Leon จึงต้องพยายามหาทางออกจากหมู่บ้านเอง และเขาก็ได้มาเจอกับ Bitorez Mandez หัวหน้าหมู่บ้านอีกครั้ง ซึ่งครั้งนี้รู้สึกว่า Mandez จะถูกส่งให้มาฆ่าเขาซะแล้ว Leon ปราบ Mandez ที่กลายร่างได้ แต่ก็มีชาวบ้านแห่กันมาไล่ฆ่าเขาอีกครั้ง Leon จึงพา Ashley หนีจนเข้าไปในปราสาท

แต่เมื่อเข้ามาพวกเขาก็ต้องเจอการโจมตีจากพวกติดเชื้อที่อยู่ในปราสาท ,Leon พา Ashley หลบมาจนถึงในห้องโถง และพวกเขาก็ยินเสียงหัวเราะดังมาจากระเบียงชั้นบน Raman Salazar ที่ 8 เจ้าของปราสาทออกมาทักทายทั้งคู่ Salazar แนะนำ Leon ว่าทางที่ดี ยอมส่ง Ashley คืนให้พวกเขาจะเป็นการดีกว่า เขาบอก Leon ไม่มีค่าแม้แต่น้อย ขัดขืนต่อไปก็จะทำให้ตายเสียเปล่า จากนั้น Salazar หัวเราะแล้วก็เดินจากไป Hunnigan ติดต่อมายัง Leon แต่เหมือนสัญญาณจะถูก Salazar ดักไว้ได้

Luis วิ่งตามมาหาพวก Leon แต่ทว่าดูเหมือนของที่เขานำมาให้ทั้งคู่จะหล่นหายไป ซึ่งของสิ่งนั้นก็คือยาระงับอาการนั้นเอง Luis ถามถึงอาการของทั้งคู่ว่าเริ่มไอเป็นเลือดแล้วหรือยัง และเขาก็ได้รับคำตอบอย่างที่คิดไว้ Luisรู้สึกตกใจเล็กน้อยเพราะอาการของ Leon และ Ashley เร็วกว่าที่คาด แสดงว่าไข่เริ่มฝักตัวแล้ว Luis จึงขอตัวกลับไปเอายามาใหม่ Ashley ขอตามไปด้วยแต่เขาก็ปฏิเสธ Leon จะถามอะไรบางอย่างกับ Luis แต่เขาก็พูดตัดบทแล้วเดินจากไป

Leon พยายามพา Ashley หาทางออก แต่แล้วอาการของ Ashley ก็กำเริบอีกครั้ง เธอไอออกมาเป็นเลือด Leon ถามเธอว่าเป็นอะไรบ้าง แต่เธอหัวเสียและวิ่งหนีไปจนไปเจอกับดักเข้า แต่เธอก็หนีไปหลบยังสุดห้องได้ทัน แต่ที่นั่นยังมีกลไกอีกอย่างมันจับตัวเธอหายไปยังอีกฝั่งของกำแพง Leon จำเป็นต้องหาทางไปช่วยเธออีกครั้ง

Leon กลับมาก็ได้พบกับ Salazarอีกครั้ง Leon บอกว่าเขามันก็เป็นได้แค่สัตว์เลี้ยงของปรสิต แต่ Salazar บอกว่าเขาสามารถควบคุมพวกมันได้อย่างสมบูรณ์ จากนั้นเขาก็เรียกลูกน้องออกมาจัดการกับ Leon และเดินจากไป

Leon หนีออกมาเพื่อหาทางไปช่วย Ashley ที่น่าจะอยู่ที่ไหนซักแห่ง จนได้มาพบข้อมูลเรื่องราวของต้นตระกูล Salazar และลัทธิ Los llluminados ซึ่งเคยเป็นเจ้าของที่แห่งนี้มาก่อน แต่ต่อมาตระกูลของ Salazar ก็ได้เข้ามายึดครองแทน และได้ปิดผนึกสิ่งที่เรียกว่า Las Plagas ไว้ จน Lord Saddler เจ้าลัทธิคนปัจจุบันได้เข้ามาคืนชืพให้ลัทธิอีกครั้ง และใช้เรื่องราวในอดีตทวงสิทธิ และหลอก Salazar ให้ทำการเปิดผนึก Las Plagas โดย Salazar เชื่อว่าการช่วย Saddler จะเป็นการไถ่บาปให้ตระกูล และ Saddler สามารถนำพลังของ Las Plagas ไปใช้ได้อย่างเป็นที่เพื่อเป็นการช่วยโลก ทำให้โลกเต็มไปด้วยเหล่า Ganado ที่พยายามค้นหาความหมายของการมีชีวิต

และแล้ว Leon ได้มาเจอกับหญิงสาวคนหนึ่ง เธอเอาปืนจ่อหลัง Leon และบอกให้เขายกมือขึ้น แต่ Leon บอกเขาไม่ชอบทำตามคำสั่งผู้หญิง จึงแย่งปืนมาจากเธอ และบอกให้หัดใช้มีดซะบ้าง ก่อนจะหันหลังและเดินไป เธอเรียก Leon และถอดแว่นออก ทำให้ Leon รู้ว่าเธอก็คือ Ada นั่นเอง Leon จึงถาม Ada เรื่องที่เธอทำให้ Wesker และสาเหตุที่เธอมาปรากฏตัวที่นี่ แต่ไม่ทันสิ้นคำถาม แว่นที่เธอโยนทิ้งไว้ก็เป็นระเบิดแสง และเธอก็ฉวยจังหวะที่ Leon ชะงักหนีหายไป

Ada กล่าวลา Leon และพุ่งไปหยิบปืนของเธอที่ Leon โยนทิ้งไว้ และหนีออกมาเพื่อตามหา Luis ต่อ และเธอก็ได้รับการติดต่อจาก Wesker ว่า Luis สามารถขโมยตัวอย่าง Las Plagas มาได้แล้ว และให้ Ada หาทางจัดการตัวอันตราย Leon ทันทีที่เธอสามารถทำได้ แต่ Ada ก็บอกว่าเขาจะทำอะไรได้ แต่ Wesker ก็พูดถึงเรื่องแรคคูนซิตี้และย้ำอีกว่าให้จัดการเขาให้พ้นทาง

Luis ได้ตาม Leon มาจนเจอ เขายกของในมือ 2 อย่างที่เขาไปนำมาให้ Leon ดู แต่ทันใดนั้นเองก็มีสิ่งลึกลับแทงเข้ามาที่ด้านหลังของเขา มันแทงทะลุอกเขาออกมา และยกร่างเขาลอยขึ้น ก่อนจะสะบัดร่างของเขาตกลงมา ซึ่งคนที่ทำร้าย Luis นั้นไม่ใช่ใครอื่น Saddler นั่นเอง ,Saddler เอาสิ่งที่ Luis นำมากลับไป และบอกกับ Leon ว่า Salazar จะจัดการเขาในไม่ช้า จากนั้น Saddler ก็เดินจากไป ทิ้ง Luis ให้นอนจมกองเลือดอยู่อย่างนั้น Leon วิ่งเข้าไปพยายามจะช่วย Luis แต่ไม่ทันเสียแล้ว ก่อนตาย Luis ได้ยื่นยาหยุดการเติบโตของปรสิตให้ Leon และฝาก Leon ให้นำ Sample กลับมาให้ได้ และเขาก็สิ้นใจ

Ada ที่หลบมุมอยู่รายงานเรื่องการตายของ Luis ให้ Wesker ทราบ Wesker จึงสั่งให้ Ada หาทางนำ Sample กลับมาให้ได้

Leon ฝ่าเหล่าศัตรูในปราสาทเพื่อหาทางไปช่วย Ashley จนในที่สุดก็สามารถช่วยเธอออกมาจากกลไกที่จับตัวเธอไว้ได้ แต่พวกศัตรูก็ยังคงตามไล่ล่าเขาอย่างไม่ลดละ ทำให้ทั้งคู่ต้องแยกกัน แต่ในที่สุด Ashley ก็สามารถหาทางมาเจอ Leon ได้จนได้

Leon เข้ามาเจอกับ Salazar อีกครั้ง ครั้งนี้ Salazar เปิดกลไกออกมาเล่นงานพวก Leon แต่พวก Leon ก็หนีออกมาได้ แต่แล้ว Ashley ก็ถูกสิ่งมีชีวิตลึกลับบินมาจับตัวไป Leon ต้องตามไปช่วย Ashley อีกครั้ง ขณะเดียวกัน Lord Saddler ก็ได้ส่ง Krauser ไปจัดการหยุด Leon

ส่วน Leon ที่ได้ฟันฝ่าเหล่าอสูรกายทั้งหลาย จนได้มาเจอ Salazar อีกครั้ง Leon เดินเข้าไปหา Salazar ที่กลางห้อง Leon เตรียมวิ่งเข้าไปเข้า Ashley แต่ Salazar กดกลไกที่พื้นให้ทำงานทำให้ Leon ตกลงไปด้านล่าง แต่ Leon เอาปืนสลิงยิงขึ้นไปดึงรั้งตัวเองไว้ได้ทันก่อนตกลงไปโดยเหล็กแหลมเบื้องล่างเสียบ Salazar จึงส่งสมุนมือขวาไปจัดการ Leon ที่รอดมาได้ และพาตัว Ashley ไป ,Leon ปราบสมุน Salazar และตาม Salazar ไปเจอเขาอีกครั้ง Salazar กล่าวต้อนรับ Leon และบอกว่า Ashley ต้องทำพิธีรับพลังเพื่อที่จะเข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของลัทธิ และพวกเขาก็เตรียมพิธีไว้ใช้ Leon เช่นกัน ไม่ทันสิ้นเสียงของ Salazar มีดของ Leon ก็ปาไปปักมือเขาซะจนติดอยู่กับกำแพง และสมุนอีกตัวที่เหลือของ Salazar ก็ดึงมีดของ Leon ออกและปากลับไป แต่ Leon ก็หลบได้ทัน Salazar วิ่งหนีขึ้นลิฟต์ร้องไปเหมือนเด็ก Leon วิ่งตามขึ้นไปจนถึงหอคอยชั้นบนสุด ก็พบว่า Ashley ไม่อยู่เสียแล้ว เธอถูกส่งตัวไปอีกเกาะ และ Salazar ก็ได้รวมร่างกับสิ่งมีชีวิตขนาดใหญ่ที่อยู่ด้านหลังกลายเป็นสัตว์ประหลาดยักษ์เข้าทำร้าย Leon แต่สุดท้าย Leon ก็ปราบเขาได้สำเร็จ Leon วิ่งไปตามทางเรื่อยๆก็พบว่า Ada ได้ขับเรือมารอรับเขาแล้ว

เมื่อขับเรือมาถึงเกะ Ada ก็หนี Leon ไปอีกครั้ง ,Leon เองก็ได้ลอบเข้าไปยังอาคารใกล้ๆทำให้ได้รู้ว่าที่นี่ถูกควบคุมโดนเหล่าทหาร Ganado แทบจะทั้งหมด

เมื่อ Leon มาถึงห้องหนึ่ง เขาก็ได้ยินเสียง Ashley และเมื่อเข้าไปดูก็พบมาในมอนิเตอร์ Ashley ถูก Ganado 2 ตัวจับอยู่ และเจ้า Ganado ก็รู้สึกได้ว่าอาจกำลังโดน Leon ดูอยู่จากที่ไหนสักแห่ง พวกมันจึงตัดสัญญาณไฟทันที Leon ดูแผนที่แล้วจึงรีบตามไปช่วย Ashley ทันที

Leon ได้มายังหอบังคับการและได้เจอเครื่องสื่อสารจึงพยายามติดต่อกลับแต่ก็ไม่สำเร็จ ทำให้เขาต้องลุยต่อไปตามลำพังจนในที่สุดก็สามารถชิงตัว Ashley กลับมาได้

ก่อนที่พวกเขาจะออกมาจากคุกก็มีเครื่องบินกระดาษลอยเข้ามา มันเป็นจดหมายจาก Ada นั่นเอง โดยใจความสำคัญก็คือทางออกจากที่นี่ก็คือทางท่อทิ้งขยะนั่นเอง Leon พา Ashley ฝ่าพวก Ganado จนมาถึงท่อทิ้งขยะ แต่ Ashley ไปอยากโดดลงไป Leon จึงจับมือเธอแล้วกระโดดลงไปด้วยกัน

Leon พา Ashley ฝ่าเหล่าสิ่งมีชีวิตลึกลับและพวก Ganado เพื่อหาทางออกจนได้มาพบกับรถบรรทุก Ashley อาสาเป็นคนขับ และ Leon เป็นคนคุ้มกัน แต่ซักพักก็มีรถบรรทุกพุ่งสวนเข้ามาจะชนรถของทั้งคู่ ซึ่ง Ashley กำลังขับรถอยู่จึงขับรถเบี่ยงทะลุกำแพงไป ทั้งคู่ลงจากรถมาแล้วพยายามหาทางหนีออกจากที่นี่ Saddler ก็ได้ปรากฏตัวขึ้นอีกครั้ง ,Leon พุ่งเข้าไปหมายจะจัดการ Saddler แต่ Saddler ได้ยกมือขึ้นเพื่อควบคุมปรสิตในตัว Leon จน Leon ต้องร้องเจ็บปวดอย่างทรมานและไม่สามารถทำอะไรได้ จากนั้น Saddler ก็เรียกให้ Ashley ตามไป ทันทีที่จบคำพูด Ashley ก็ยืนนิ่งราวกับไร้ชีวิตจิตใจก่อนจะเดินเข้าไปหา Saddley ส่วน Leon ก็ไม่สามารถทำอะไรได้ จึงได้แต่โยนเครื่องติดตามไปกับตัว Ashley

หลังจาก Saddler จากไป Leon ก็สามารถขยับตัวได้เขาจึงรีบตามทั้งคู่ไปทันที

อีกด้านหนึ่ง Ada กับ Krauser กำลังคุยกันอยู่ ซึ่งทั้งคู่ทำงานให้กับ Wesker เช่นเดียวกัน Krauser ไม่ไว้ใจ Ada เรื่อง Leon แต่ตัวเขาเองก็ยังไม่สามารถนำตัวอย่างออกมาได้ เพราะ Saddler ดูเหมือนจะระแวง Krauser เช่นกัน Krauser ขู่ Ada ว่าหากเธอทำอะไรไม่ชอบมาพากลเขาจะฆ่าเธอทันที เพราะเขายังไม่มั่นใจว่าแท้จริงแล้ว Wesker และ Ada ต้องการอะไรกันแน่ แต่ Ada ก็ไม่ได้กลัวคำขู่ของ Krauser พร้อมบอกว่าว่าเธอรู้จัก Wesker มานานแล้ว

แต่ทันทีที่ Ada แยกกับ Krauser มา Wesker ก็ได้ติดต่อมายัง Ada เขาบอกกับ Ada ว่าเธอไม่ต้องยุ่งกับ Leon แล้ว เพราะเขาปล่อยเรื่อง Leon ให้เป็นหน้าที่ของ Krauser ไปแล้ว Ada ดูอึ้งเล็กน้อย จากนั้น Wesker ก็ตัดสัญญาณไป แต่ Ada ก็คิดว่า Wesker คงต้องผิดหวังแล้ว เพราะคนอย่าง Leon ไม่มีทางแพ้ Krauser แน่ แต่เธอก็วิ่งไปหา Leon เพื่อดูสิ่งที่จะเกิดขึ้น

ขณะที่ Leon กำลังหาทางไปนำตัว Ashley กลับมาเขาก็ได้มาเจอกับ Krauser ที่เปิดตัวมาโดยการเอามีดพุ่งแทงลงมาที่ Leon หมายจะฆ่าให้ตายในทีเดียว แต่ Leon ก็หลบได้ Krauser ตั้งใจจะพูดถึงเหตุการณ์ที่2ปีก่อน ที่ใครก็ต่างพากันบอกว่าเขาตายไปแล้ว แต่ Leon ไม่สนและรู้ได้ทันที่ว่าเขาต้องมีส่วนเกี่ยวกับการลักพาตัว Ashley แน่ ทั้งคู่คุยกันไปพลางดวลมีดแบบตัวต่อตัว ,Krauser ยอมรับว่าเขาลักพาตัว Ashley มาเพื่อทำให้ Saddler เชื่อใจ และ Leon ก็พลาดท่าถูก Krauser ถีบจนล้มลงไป และ Krauser ก็ได้บอกว่าทั้งหมดนี้ก็เพื่อ Umbrella ได้ยินดังนั้น Leon ก็ถึงกับประหลาดใจที่ Krauser อ้างถึงบริษัทที่ไม่น่าจะมีอยู่แล้ว จากนั้น Krauser ก็กระโดดพุ่งเข้าไปแทง Leon ที่นอนล้มอยู่

แต่ในระหว่างที่ Krauser ตั้งใจจะฆ่า Leon ให้ตาย เขาก็ต้องผงะเมื่อ Ada ที่เดินออกมาจากเงามืด ยิงมีดของเขาทิ้ง Krauser เห็นท่าไม่ดีจึงรีบหนีไปก่อน Leon เห็น Krauser กระโดดได้สูงแบบนั้นก็รู้ได้ทันทีว่าเขาต้องได้รับพลังจากอะไรบางสิ่งแน่ๆ

Ada ถาม Leon เรื่อง Krauser แต่ Leon กลับถามสวนไปถึงสาเหตุที่เธอมายังที่นี่ แต่ Ada ก็ไม่ได้ให้คำตอบพร้อมเดินจากไป

Leon เองก็รอช้าไม่ได้เขาต้องรีบไปช่วย Ashley ให้ได้ Leon ตามสัญญาณที่ติดตัว Ashley ไว้จนมาถึงที่แห่งหนึ่งก็พบว่า เครื่องติดตามได้ถูกทิ้งเอาไว้มีเพียงเจ้าสิ่งมีชีวิตลึกลับรออยู่ Leon จัดการมันและฝ่าเหล่า Ganado ไป เพื่อตามหาตัว Ashley แต่อยู่ๆก็มีกระสุนปืนถูกยิงมาจากอีกฝั่งของซากสิ่งก่อสร้าง เขาได้มาเจอกับ Krauser อีกครั้ง Krauser บอกกับ Leon ว่า Ashley อยู่หลังประตูทางออกของที่แห่งนี้ และการจะไปที่นั่นได้จำเป็นต้องได้สิ่งหนึ่งจาก Krauser เสียก่อน Leon พยายามหลบเลี่ยงการสู้กับ Krauser เพราะเขาดูไม่เหมือนคนปกติเท่าไรนักแล้ว แต่ดูเหมือน Krauser เองจะไม่ยอมง่ายๆ และเขาก็ได้เปลี่ยนแขนตัวเองให้เป็นดาบขนาดยักษ์ เพื่อพร้อมที่จะปลิดชีวิต Leon ให้ได้ Leon ไม่มีทางเลือกจึงต้องตัดสินใจสู้กับ Krauser และเขาก็สามารถสยบ Krauser ลงได้

แต่แม้จะปราบ Krauser ได้แต่ Leon จำเป็นต้องฝ่าฝูงทหาร Ganado ทั้งกองทัพที่เฝ้าอยู่ แต่โชคดีที่ Mike นักบินเฮลิคอปเตอร์ มาช่วยสนับสนุนได้ถูกเวลาพอดี Mike ช่วยยิงสนับสนุนจากบนฟ้า ส่วน Leon ก็วิ่งฝ่าฐานทัพของพวกมันไปเพื่อไปช่วย Ashley

แต่ทันทีที่ Leon เข้าไปประตูด้านในสุดฝูงทหาร Ganado นับร้อยก็ออกมาเตรียมต้อนรับจะทุกทิศทาง

ขณะเดียวกัน Ada ที่อยู่ด้านล่างก็ได้เห็นเฮลิคอปเตอร์ของ Mike จึงรู้ที่อยู่ของ Leon ได้ทันที ซึ่ง Wesker ก็ได้ติดต่อเข้ามาหาเธอพอดี Ada รายงาน Wesker ว่า Krauser ถูกจัดการไปแล้ว Wesker เริ่มหัวเสียจึงสั่งให้เธอทำทุกวิถีทางเพื่อนำตัวอย่าง Las Plagas กลับไปให้ได้ และจัดการเคลียร์ทุกอย่างให้เรียบร้อย มิฉะนั้นเธอเองก็จะไม่ได้กลับเช่นกัน จากนั้นเขาก็ตัดการติดต่อไป

ด้าน Leon ที่ตอนนี้เริ่มรู้สึกว่าเข้าตาจนจริงๆซะแล้ว แต่โชคดีของเขาที่ Mike ตามมาช่วยได้ทันพอดี Mike จัดการยิงเหล่า Ganado ซะจนกระเจิง Leon รอดมาได้อย่างหวุดหวิด และหันไปเพื่อขอบใจ Mike แต่ Saddler ก็ได้สั่งให้ลูกน้องเอา RPG ยิงใส่เฮลิคอปเตอร์ของ Mike ระเบิดกระจุยต่อหน้าต่อตา Leon

ทางด้าน Ada ขณะที่กำลังมุ่งหน้าไปหา Leon ก็มีท่อนเหล็กพุ่งเข้าใส่เธอ แต่เธอก็หลบได้ทัน ซึ่งเป็น Krauser นั่นเองที่เป็นคนปาเสาเหล็กไปใส่เธอ Krauser ฟื้นขึ้นมาอีกครั้งและตั้งใจที่จะฆ่า Ada ก่อนไปหาทางเอาตัวอย่างกลับไป แต่ก็เป็นเอด้าที่ใช้ความคล่องตัวจัดการกับ Krauser ที่บาดเจ็บจากการสู้กับ Leon ลงได้

Leon ไม่อาจช่วยอะไร Mike ได้ ได้แต่มุ่งหน้าต่อไปเพื่อหาทางช่วย Ashley ออกมาให้ได้เท่านั้น และ Ada ก็ตามเข้ามาเจอ Leon พอดี แต่จู่ๆ Leon ก็เหมือนมีท่าทีแปลกไป เขาลืมกินยาระงับอาการนั้นเอง Leon ตรงเข้าบีบคอ Ada ,Ada เห็นตา Leon ก็รู้ได้ทันทีว่าเขาใกล้จะถูกครอบงำเต็มทีแล้ว เพื่อเรียกสติ Leon คืนมาเธอจึงเอามีดของเธอเสียบไปที่ขาของเขา ที่กำลังบีบคอเธออยู่ ทำให้สติของ Leon กลับมาอีกครั้ง

Leon ขอโทษ Ada แต่เธอบอกไม่เป็นไรและก็ขอแยกตัวจากไปอีกครั้ง Leon เองก็มุ่งตามเข้าไปด้านในเพื่อไปช่วย Ashley จนเขาได้มาเจอ Ashley ซึ่งถูกขังอยู่ในหลอดทดลอง และก็ได้เผชิญหน้ากับ Saddler อีกครั้ง Leon ไม่รอช้าพุ่งเข้าโจมตี Saddler ทันทีแต่ก็พลังมหาศาลของ Saddler จู่โจมใส่จนกระเด็น Ada ที่แอบมองอยู่เห็นท่าไม่ดีจึงระดมปืนกลใส่ Saddler อย่างรวดเร็ว พร้อมทั้งบอกให้ Leon รีบนำตัว Ashley ไป Leon ก็ไม่รอช้าวิ่งไปเปิดแคปซูลนำตัว Ashley ที่ยังไม่ค่อยได้สติไปทันที แต่ Saddler ก็ไม่สะทกสะท้านต่อกระสุนปืนของ Ada แม้แต่น้อย ค่อยๆเดินตามคนทั้งคู่ไป Ada จึงตัดสินใจยิงถังน้ำมันด้านบนจนตกมาระเบิดใส่ Saddler ทำให้ Leon และ Ashley หนีไปได้สำเร็จ

จากนั้นเอด้าก็ตามลงมาจัดการกับ Saddler ที่กำลังบาดเจ็บ จน Saddler ล้มลงไป Ada จึงเดินเข้าไปเก็บตัวอย่าง Las plagas ที่ Saddler ทำหล่นไว้ โดนเธอไม่รู้ตัวเลยว่า Saddler ที่เหมือนนอนตายอยู่นั้น ได้ยืดคมเขี้ยวที่เคยสังหาร Luis มาแล้ว พุ่งเข้าจู่โจมเธอ......

Leon และ Ashley ที่หนีมาได้จากการช่วยเหลือของ Ada ได้มาถึงยังห้องผ่าตัด ซึ่งมีเครื่องผ่าตัดเลเซอร์สำหรับทำลายปรสิตในตัวตามบันทึกของ Luis เพื่อไม่เป็นการเสี่ยงตามบันทึกของ Luis ที่กล่าวถึงอาการเจ็บปวดจากการผ่าตัดที่อาจทำให้ถึงตายได้ อีกทั้งยังไม่รู้วิธีใช้ ทางเดียวที่จะทำให้รู้ได้คือ Leon จำเป็นต้องเป็นผู้ลองก่อน โดยให้ Ashley เป็นคนควบคุม แม้ Ashley จะไม่ค่อยแน่ใจ แต่ทั้งคู่ไปอยากตกเป็นทาสของ Saddler และกระบวนการทำลายก็ได้เริ่มขึ้น แสงเลเซอร์ยิงผ่านเข้าไปยังร่างของ Leon แม้มันจะสร้างความเจ็บปวดแต่ไม่นานนักก็เหมือนว่าจะสำเร็จไปด้วยดี ต่อไปก็เป็นตาของ Ashley โชคดีที่ทั้งคู่สามารถรอดพ้นความตายมาได้ Ashley สวมกอด Leon อย่างดีใจ และตอนนี้ถึงเวลานำตัวเธอกลับบ้านแล้ว

หลังจากออกจากห้องผ่าตัดมา Leon รู้สึกอะไรบางอย่างที่ไม่ชอบมาพากลที่น่าเกิดขึ้นด้านบน เขาจึงให้ Ashley ยืนรอด้านล่าง และเขาก็ขึ้นลิฟต์ไป และก็ได้มาเจอกับ Ada ที่ถูก Saddler จับมัดแขวนไว้กับเสาท่าเรือ Leon จึงปามีดไปเพื่อช่วย Ada ลงมา Saddler ปรากฏตัวพร้อมใช้ท่าเดิมเพื่อควบคุมปรสิตในตัว Leon แต่ไม่สำเร็จ เขาจึงตัดสินใจจะฆ่า Leon ทิ้ง จึงได้กลายร่างเป็นสัตว์ประหลาดยักษ์ เพื่อจัดการ Leon อย่างเด็ดขาด

แม้จะหลบการโจมตีของ Saddler ได้ แต่ Leon ก็ทำอะไร Saddler ไม่ได้นัก Ada จึงต้องหาทางช่วย Leon และเธอก็เห็น RPG วางทิ้งไว้ เธอจึงไปนำมันมาส่งให้ Leon จนในที่สุด Leon ก็สามารถปราบ Saddler ลงได้

Leon เดินเข้าไปหยิบตัวอย่าง Las plagas ที่หล่นอยู่ จากซากของ Saddler แต่ก็มีปลายปืนมาจ่อที่หัวของเขา ซึ่งก็เป็น Ada นั่นเอง Leon จึงจำเป็นต้องส่งมันให้กับ Ada จากนั้น Ada ก็กระโดดออกไปขึ้นเฮลิคอปเตอร์ส่วนตัวที่มารับ จากนั้นเธอก็ส่งพวกกุญแจตุ๊กตาหมีสำหรับเจ็ตสกีที่จอดไว้ด้านล่าง และเธอก็กดปุ่มนับถอยหลังระเบิดทำลายเกาะทิ้ง

Leon รีบพา Ashley ไปขึ้นเจ็ตสกีหนีออกมาด้วยความเร็วสูงสุด ก่อนที่จะโดนระเบิดไปกับเกาะด้วย ด้วยความแรงของการระเบิด ทำให้ Ashley กระเด็นตกลงน้ำไป แต่เธอก็ว่ายกลับมาหา Leon

Leon ดึง Ashley ขึ้นมา Ashley และเธอก็พูดว่าหลังจากกลับไปแล้วเขาและเธอน่าจะ... แต่ Leon ก็พูดตัดบทเสียก่อน ซึ่ง Ashley เองก็กะไว้อยู่แล้ว เธอจึงถามถึงสาวชุดแดงว่าเป็นใคร Leon ตอบได้เพียงว่า เธอเป็นเสมือนส่วนหนึ่งของตัวเขาที่ไม่อาจลืมได้ จากนั้นเขาก็เร่งเจ็ตสกีไปเพื่อนำ Ashley ไปส่งให้ถึงบ้าน...............